No dia 19 de janeiro de 2017, o ministro do Supremo Tribunal Federal Teori Zavascki, de 68 anos e titular de vários processos da Operação Java-Jato, morria em um acidente aéreo no mar de Paraty, no Rio.
O avião que o transportava, um bimotor King Air, caiu nas águas do oceano pouco antes do pouso. Também estavam a bordo, o empresário Carlos Alberto Filgueiras, a massoterapeuta Maíra Panas e a mãe dela, Maria Hilda. Todos perderam a vida, inclusive o comandante da aeronave, Osmar Rodrigues.
Os processos que estavam a seu cargo no Supremo foram redistribuídos para outros magistrados da Corte, inclusive os da Operação Java-Jato. Para substituí-lo, o então presidente Michel Temer indicou o jurista Alexandre de Moraes, que fora ministro da Justiça.